Органы рыбоохраны в Красноярском крае образовались в 1943 году в виде Красноярского отделения Сибрыбвода, которое дислоцировалось в то время в г. Новосибирске. В составе Отделения было 6 районных инспекций рыбоохраны – Красноярская, Енисейская, Туруханская, Игарская, Усть-Енисейская и Хатангская. По штатному расписанию в Отделении работал 21 человек. Федеральное государственное учреждение «Енисейское бассейновое управление по сохранению, воспроизводству водных биологических ресурсов и организации рыболовства» (ФГУ Енисейрыбвод) было образовано в соответствии с постановлением Совета Министров РСФСР от 10.06.1961 № 730 и приказом Главгосрыбвода от 15.06.1961 г. № 38/П из Восточно-Сибирской бассейновой инспекции по охране рыбных запасов и регулированию рыболовства «Енисейгосрыбвод» и являлось её правопреемником. Постановлением Совета Министров СССР от 02.06.1962 № 523, приказом Государственного комитета Совета Министров СССР по рыбному хозйству от 27.08.1962 г. № 110 и приказом Главрыбвода от 18.09.1962 г. № 40/П учреждение переименовано в Енисейское бассейновое управление по охране, воспроизводству рыбных запасов и регулированию рыболовства.

Основными задачами деятельности Енисейрыбвода на тот период было: управление сырьевыми водными биологическими ресурсами, охрана рыбных запасов, государственный контроль за соблюдением рыбоохранного законодательства, организация изучения состояния рыбных запасов, координация и организация работ по воспроизводству рыбных запасов, регулирование спортивного и любительского рыболовства.

Территориально зона ответственности Енисейрыбвода занимает обширную территорию цен-тральной Сибири. Протяжённость в меридиональном направлении составляет около 3200 км, а в широтном — до 1200 км. Водные объекты зоны ответственности ФГУ относятся к бассейнам Оби, Енисея, Пясины, Таймыры, Хатанги, Таза, побережья морей Карского и Лаптевых. Кроме этого, на территории региона находится небольшая часть водных объектов, относящихся к бассейнам притоков Лены (Анабар, Вилюй) и «бессточные» озера Республики Тыва.

В подконтрольный «Енисейрыбвод» водный фонд входят следующие рыбохозяйственные водоёмы:

Морские — в пределах территориальных вод Таймырского муниципального района (континентальный и островной шельф) бассейна Голарктики, включая восточный сектор Карского моря и западный сектор моря Лаптевых. Заливы (основные) — Енисейский, Пясинский, Таймырский и Хатангский. Реки, в количестве свыше 260 тыс., общей протяженностью более 622,1 тыс. км. Водо-хранилища, к которым пренадлежат крупные водохранилища ГЭС — Красноярское, Саяно-Шушенское (в т.ч. Майнское), Курейское, Усть-Хантайское и Богучанское водохранилища, общей площадью акватории (при НПУ) – свыше 700 тыс. га, а также многие сотни небольших и мелких прудов общей площадью около 20-30 тыс. га. Около 491 тыс. озёр (площадью водного зеркала – 100 га и более) общей площадью акватории около 5,78 млн. га, а также множество малых озёр (площадью зеркала – 100 га и менее), суммарная площадь акватории которых составляет около 68,5 тыс. га.

В состав Енисейрыбвода на тот период входило 18 межрайонных инспекций рыбоохраны.

В 1990 г. в состав учреждения вошёл Норильский рыбоводно-инкубационный завод, от-крылось новое направление деятельности – непосредственное осуществление искусственного воспроизводства водных биоресурсов. Завод специализируется на воспроизводстве гольца, сига, хари-уса в Норило-Пясинской озёрно-речной системе.

В 2005 г. в соответствии с приказом Федерального агентства по рыболовству от 23 июня 2005г. № 216 учреждение переименовано в федеральное государственное учреждение «Енисейское бассейновое управление по сохранению, воспроизводству водных биологических ресурсов и организации рыболовства». Контрольные функции (функции рыбоохраны) были переданы Россельхознадзору.

К основным видам деятельности учреждения после очередной реорганизации отнесено: осуществление работ по воспроизводству и акклиматизации водных биоресурсов, проведение государственного мониторинга состояния водных биоресурсов и среды их обитания, сбор данных для обеспечения учёта вылова водных биоресурсов, осуществление рыбоводно-мелиоративных мероприятий.

В соответствии с приказом Федерального агентства по рыболовству от 24 сентября 2008 г. № 206 учреждение переименовано в федеральное государственное учреждение «Енисейское бассейновое управление по рыболовству и сохранению водных биологических ресурсов».

Распоряжением Правительства РФ от 20.04.2010 г. № 587-р ФГУ «Енисейрыбвод» реорганизован путём присоединения к нему ФГУ «Хакасрыбвод». В состав «Енисейрыбвода» дополнительно вошли Белоярский рыбоводный завод, осуществляющий искусственное воспроизводство особо ценных видов рыб- осетра и стерляди, а также отдел по рыболовству и сохранению водных биологических ресурсов Республики Хакасия.

Приказом Федерального агентства по рыболовству от 31 мая 2011г. №529 Федеральное государственное учреждение вновь переименовано в Федеральное государственное бюджетное учреждение «Енисейское бассейновое управление по рыболовству и сохранению водных биологических ресурсов».

Приказом Министерства сельского хозяйства РФ от 20 июня 2016г. №249 Федеральное государственное бюджетное учреждение «Енисейское бассейновое управление по рыболовству и сохранению водных биологических ресурсов» реорганизовано путем присоединения к Федеральному государственному бюджетному учреждению «Главное бассейновое управление по рыболовству и сохранению водных биологических ресурсов» — ФГБУ «Главрыбвод»

В соответствии с приказом №23 от 23 января 2017г Федерального государственного бюджет-ного учреждения «Главное бассейновое управление по рыболовству и сохранению водных биологических ресурсов» — ФГБУ «Главрыбвод» создан Енисейский филиал ФГБУ «Главрыбвод» с 25.01.2017г.